等桓温回到合肥后发现，前线形势已经变的不容乐观，可以说已经一团糟了，趁着东晋部队陷在东线青州与西南益州战线上的空档，前燕皇帝慕容俊果断做出了进攻洛阳的决定，他派前燕上庸王慕容评与长乐郡太守傅颜率领五万大军，浩浩荡荡的直扑洛阳，而洛阳城的守军只有区区一万人，守将毛穆之着急万分，七日之内连发三封救援信，奈何此时的桓温正在姑孰城与沈劲对峙，而后又被太后褚蒜子请到了京城参加皇帝的婚礼，所以这三封救援信虽然十万火急，但是却阴错阳差的没有送到桓温的手里，等到桓温回到合肥之后，才看到这三封救援信，但是为时已晚，慕容评已经领兵包围了洛阳城。
形势可以说是十万火急，若是洛阳失陷，那么桓温好不容易积累起来的声望就会大受打击，对于东晋而言也会颜面尽失，毕竟洛阳是东晋名义上的首都，这才刚刚收复了不到一年就再次失陷，确实是挺丢面子的一件事。
可是此时桓温的手中却是无兵可派，东线青州方向桓冲正率兵与前燕的镇东将军慕容尘争夺平昌、东安、高密、泰安、广固等郡，战事胶着，无法分兵；西线益州境内司马勋叛乱部队声势浩大，已经攻陷了益州大部，正在围攻成都，建威将军刘建正率军星夜兼程赶往救援，自然也是无法分兵；离洛阳最近的豫州刺史桓豁此时正带领部队围攻司马勋的老剿南郑郡，因为司马勋的动静太大，连一向安分守已的仇池国也派出主将杨播率军一万余人陈兵两国边境，所以桓豁还得分兵一部分监视仇池国的动向。
目前桓温手里最大的生力军就是驻扎在姑孰城外青山上的三万余人的部队，这支部队由平威将军张盛率领，但是张盛的对面还有直属扬州的沈劲部队，但是现在没有办法了，内斗是小，外患是大，没有办法的桓温只得快速的把张盛部队调往洛阳前线，同时又命令驻守河南郡的戴施和驻守荥阳郡的陈祐立即放弃各自的城池，各自领兵向洛阳靠拢，虽然戴施与陈祐的兵力少的可怜，两家合并一处才不过五千兵，但是至少也是一支生力军，可以为洛阳争取更多一点的时间，以便能够撑到张盛的主力部队到达洛阳。
正在桓温为了帝国的边疆安全而忙的焦头烂额的时候，关中地区又传来了不好的消息，羌族首领姚襄在三原战死了，羌族部落三万余人在其弟姚苌的带领下投降了前秦。
消息传来，桓温大为震惊，虽然桓温与姚襄是对手，但是二人却是惺惺相惜，当年桓温以陆远的名义在北方敌国境内游历的时候，姚襄是他的顶头上司；后来姚襄投靠东晋之后，又是姚襄主动派人帮助桓温训练骑兵部队；对于姚襄的为人桓温是十分的钦佩，神明器宇、性情豁达，是胡族当中为数不多的能文能武的儒将，而且心性纯良，体恤百姓，虽然屡屡战败，但百姓依然不离不弃，由此可见其人品是多么的贵重。
可以说若不是殷浩逼迫太甚，桓温大概率会跟姚襄成为好朋友、好战友，然而奈何天不随人愿，在殷浩的屡屡逼迫下，姚襄最终被迫自立，并最终跟桓温兵戎相见，在被桓温打败后北遁关中，姚襄痛定思痛，决定离开中原，回到原来的祖居地关中谋求发展，结果在谋取关中之时又被前秦将领苻坚、邓羌截杀，其弟姚苌为避免羌族全军覆没，被迫率领全族投降前秦，得到了前秦皇帝苻生的礼遇。
可以说，姚襄的死和最后一个羌族部落的投降，前秦彻底统一的关中之地，从此以后在关中之地再无任何对手，也无任何威胁，从此以后前秦就可以像刘邦一样，以关中为基地，东出函谷关，攻略中原了。
而这也是桓温最担忧的地方，虽然桓温在第一次北伐之时打的前秦差点灭国，但是今日已不同于往日，前秦在皇帝苻生的带领下，对内平定了强平叛乱，对外收降了姚襄部队，逼迫前凉政权向其称臣，可以说此时的前秦在形势上已经统一了西北，而且兵强马壮，气势正盛，若是此时冲出关中直逼洛阳，那么以桓温现在的处境，是绝难抵挡的住的。
没有办法，此时的桓温已经来不得多想了，各条战线的战事已经让他焦头烂额，此时的他也是疲于应对，只能是兵来将挡，水来土掩了。
幸运的是，在司州刺史毛穆之的坚强领导下，打退了前燕对洛阳的一次又一次围攻，成功的守住了城池，而随着戴施与陈祐的援军陆续到达，洛阳的城防也日益的坚固，前燕军队虽然在慕容评与傅颜的指挥下日夜围攻，但是依然没有取得明显进展，双方就这样在洛阳城对峙了两个月之后，毛穆之终于等到了张盛的三万生力军，这三万生力军一投入战斗，早已精疲力竭的前燕军队立刻土崩瓦解，长乐太守傅颜战死，上庸王慕容评率领少数骑兵狼狈逃窜，洛阳危机解除。
而在西线益州前线，随着刘建的增援部队到达成都，司马勋知道攻下成都已经无望，于是便自行领兵退回到了广汉郡，益州刺史周楚与建威将军刘建的兵力合并一处之后，便开始了积极的平叛，司马勋抵挡不住，被迫一退再退，之前失陷的郡县也都被周楚收复，等到升平二年春天的时候，益州地界失陷的郡县已经全部被收复，司马勋被迫全部退回到梁州境内。
在司马勋退回梁州境内的同时，豫州刺史桓豁也取得了进展，之前桓豁的主要任务是牵制司马勋的后方，不让司马勋把全部兵力都投入到益州，现在随着司马勋的屡屡战败，本来就对司马勋不满的各级将领也更加的浮躁，此时司马勋的儿子司马康在汉中担任太守，留守南郑，司马康见军中将领消极怠工越来越严重，于是便决定杀几个将领以立威，于是便把参军司马金壹当作典型给杀了，结果威没有立成，反而引起了军中哗变，司马康见势不妙，立马率领亲兵冲出南郑，回到了汉中，南郑守军随势将城池献给了桓豁，
随着周楚与桓豁两军从南北两面共同夹击下，司马勋父子最终在巴西郡附近被彻底击败，周楚生擒获司马勋及他的两个儿子司马康、司马陇子以及长史梁惮等人，桓温下令将他们全部斩首之后，首级传送到健康示众，桓温任命益州刺史周楚兼任梁州刺史，接管梁州事务，历时近一年的司马勋之乱正式平定。
在东线青州前线，前燕的镇东将军慕容尘与桓冲一城一城的争夺，每一城都打的很艰难，但是桓冲并不气馁，他知道时间在我们这一边，所以十分耐心的一个城池一个城池的跟慕容尘打，打下一城就立即委派官员入住，招募流民安置百姓，就这样一个城池一个城池打，等到升平二年秋天的时候，随着乐陵郡的收复，桓冲终于将前燕军队彻底赶出了原来段齐政权的地界，将他们逼到了黄河北岸，从此青州地界黄河以南皆成晋地。